les graphèmes ien, ion, et oin ?

Bonjour

je suis en train de préparer ma progression d'étude de sons au CE1 avec le livre j'entends, je vois, j'écris et j'ai un petit soucis avec les graphèmes ien, ion, et oin !

J'ai eu des CP pendant trois ans et comme je suivais la progression des alphas, je voyais ces graphèmes en fin d'année les uns après les autres en racontant la petite histoire des alphas associée.( sans me poser plus de questions que ça

Mais dans j'entends, je vois j'écris, l'étude se fait à partir des phonèmes. Bizarrement, le graphème ien est vu avec le phonème [ j] ( i, y, ill, il) mais dans les mots chien ou bien, on ne présente pas le "en" comme faisant le phonème [ɛ̃] . De même le ion est vu avec le phonème [j] (lion). Pour moi la prononciation n'est pas tout à fait identique si on considère que dans lion, il y a deux graphèmes l + ion ou trois l + i + on. Pour le oin, il est présenté avec le [ɛ̃], donc le mot loin sera composé de trois graphèmes l + o + in alors que pour moi il y aurait plutôt deux graphèmes l + oin .

Je sais qu'il y a des disparités régionales en matière de prononciation et le problème c'est que je reviens dans ma région d'origine ( le sus ouest) après avoir enseigné plusieurs années en Alsace. Du coup , je suis un peu paumée avec les différentes prononciations. Serait-il choquant de travailler par phonèmes comme dans j'entends je vois j'écris et de terminer l'année en étudiant ces trois graphèmes séparément ?

Merci